Dès le milieu du xvie siècle, suivant la trace des Portugais — premiers à ouvrir les routes de l'Inde et de l'Asie du Sud-Est —, quelques explorateurs français, des corsaires et des aventuriers arment des navires pour rejoindre "Cathay" et « les Indes » et en rapporter des épices. Ils ne rencontreront pratiquement aucun succès commercial.

À partir de 1600, les premières expéditions commerciales de commerçants malouins ou Dieppois sont régulièrement lancées vers l'Asie. Une série d'éphémères compagnies de commerce qui bénéficient par lettres patentes d'un monopole commercial sont lancées (Compagnie française des mers orientales, crée en 1600, Compagnie Le Roy et Godefroy en 1604 devenue Compagnie des Moluques en 1615, Compagnie de Montmorency pour les Indes orientales, créée en 1611 par Charles de Montmorency-Damville, Amiral de France). Elles ne créent pas un courant commercial significatif d'autant que leurs vaisseaux sont systématiquement détruits ou confisqués par les Hollandais de la VOC (compagnie hollandaise des Indes orientales).

L'arrivée de Richelieu au pouvoir en 1624 et la signature du traité de Compiègne avec les Provinces-Unies (Pays-Bas) qui reconnaît la liberté du commerce vers les « Indes occidentales et orientales » relance l'activité des Français en direction de l'Asie avec un double but, missionnaire et commercial. La route terrestre est explorée avec le réseau des frères capucins du Père Joseph et c'est un missionnaire – Pacifique de Provins – qui réussit à établir en 1628 des liens officiels entre la France et la Perse ouvrant par le golfe Persique la route de l'Inde.

L'ordonnance royale de 1629, dite code Michau, encourage les Français à créer des compagnies de commerce à l'image des Hollandais et des Anglais.

À partir des années 1630, les Français s'intéressent au sud de l'océan indien et prennent possession de sites et de ports – notamment Fort-Dauphin et Port-Louis – à Madagascar et dans les Mascareignes (île Bourbon, île de France, île Rodrigues) ; La compagnie d'Orient est créée par lettre patente de juillet 1642 avec monopole de 15 ans sur Madagascar et les îles environnantes.

Au-delà de ces îles, la route des Indes est reprise par des missionnaires sous l'impulsion du jésuite Alexandre de Rhodes et de la Compagnie du Saint-Sacrement et qui privilégie la péninsule indochinoise.

En 1660, enfin est fondée la Compagnie de Chine, avec tous les puissants de l'époque, comme Mazarin ou Fouquet, souvent membres de la Compagnie du Saint Sacrement. Mais celle-ci se consacre exclusivement à des activités commerciales.

Imaginée par Colbert, elle est créée par la Déclaration du Roi portant établissement d'une Compagnie pour le commerce des Indes orientales signée par Louis XIV le 27 août 1664 et des lettres patentes enregistrées par le Parlement de Paris. Les statuts en font une manufacture royale avec tous les privilèges associés, en particulier exemption de taxes, monopole du commerce dans l'hémisphère oriental (auquel s'ajoutent au xviiie siècle les côtes ouest de l'Afrique (Sénégal, Guinée), garantie sur trésor royal, pouvoir de nommer des ambassadeurs, de déclarer la guerre et de conclure des traités. Elle est dotée d'un capital initial de 8,8 millions de livres et d'une devise : « Florebo quocumque ferar », (« Je fleurirai là où je serai portée »).

La Compagnie se voit définir des objectifs plus vastes que le suggère son nom et qui sont de trois ordres : le commerce, évidemment, et la lutte contre les produits anglais et hollandais ; la politique, en contribuant au développement d'une marine nationale et en affirmant la présence française sur les mers ; la culture et la religion : en propageant la civilisation française et en évangélisant les « païens ».

Son premier directeur nommé par Colbert est François Caron, un huguenot exilé ayant œuvré 30 ans au sein de la VOC. À partir de 1666, le port de Lorient nouvellement créé en devient le siège.

Attentif à la question du textile, Colbert s'est intéressé aux efforts de ses prédécesseurs à l'époque d'Henri IV, pour développer la culture de la soie. Il sait que la communauté arménienne de Marseille, par ses liens avec l'Orient, importe des indiennes, ces cotonnades légères et fines, qui plaisent par leurs couleurs gaies.

La Compagnie des Indes orientales vise d'abord cette activité, alors que le commerce du poivre est dominé par la compagnie néerlandaise des Indes orientales. Lorsqu'elle prend son essor, de Pondichéry et Calcutta, 8 à 10 vaisseaux chargés de tissus arrivent annuellement à Lorient, port important dans l'histoire des indiennes de coton en Europe.

En 1669, Colbert crée le port franc de Marseille où des Arméniens s’installent à sa demande, pour apprendre aux Marseillais à peindre les cotonnades et les approvisionner. Mais à partir de 1671, il entre en demi-disgrâce auprès de Louis XIV et la guerre de Hollande de 1672 nuit à ses projets.

Tout en échouant à créer une véritable colonie sur l'île de Madagascar (Fort-Dauphin), la compagnie réussit cependant à établir des ports sur l'île Bourbon et l'île de France, deux îles voisines, aujourd'hui La Réunion et l'île Maurice. Son capital est alors de 15 millions de livres (la famille royale en souscrit 3). Elle a pendant 50 ans le monopole du commerce entre le cap Horn et le cap de Bonne-Espérance.

La guerre de Hollande en désorganise le fonctionnement. En 1682, la compagnie perd son privilège. En 1719, elle est absorbée par la Compagnie fondée par John Law.