La famille du jeune Bejamin Delessert, protestante, est originaire du canton de Vaud en Suisse. Des membres de sa famille sont venus en France en 1735. Son père est Étienne Delessert, un homme d’affaires ayant créé des sociétés d’assurance et une caisse d’escompte.
Durant sa jeunesse, Benjamin Delessert voyage beaucoup et rencontre à Édimbourg Dugald Stewart, John Playfair et Adam Smith. À Birmingham, Benjamin et son frère rencontrent James Watt qui leur fait une démonstration de sa machine à vapeur. Jean André Deluc, qu'il rencontre à Windsor, l’initie aux nouveaux développements de la géologie.

De retour en France, il étudie à l’école d’artillerie de Meulan où il obtient rapidement un grade de capitaine et entre dans la Garde nationale. Il sert en Belgique sous Jean-Charles Pichegru, puis le général Charles Édouard Jennings de Kilmaine le choisit comme aide de camp. Il participe à plusieurs campagnes militaires, notamment au siège de Maubeuge (1793).

Il est rappelé en 1795 par son père qui lui confie ses biens et la direction de la maison de banque. En 1800, il essaie d'introduire l'usage de la vapeur dans les machineries en se basant sur les découvertes de James Watt. Il fonde à Passy, en 1801 une filature de coton, et en 1812 une fabrique de sucre de betterave où il introduit des procédés nouveaux, puis bientôt une vingtaine d’autres établissements du même genre dans différentes régions françaises. Lors du blocus de la France, c’est Delessert qui, en se basant sur les recherches du chimiste allemand Franz Karl Achard, met au point avec son ingénieux chef de fabrication, le chimiste Jean-Baptiste Quéruel la méthode d’extraction du sucre à partir de la betterave, méthode qu’il nomme Bonmatin. En récompense des services rendus, Napoléon le fait chevalier de la Légion d'honneur. En 1812, il accède au titre de baron de l'Empire. Il est également nommé régent de la Banque de France.

Il importe d'Angleterre l'institution de la caisse d'épargne en 1818. Il siège pendant 25 ans à la Chambre des députés, dont il est deux fois élu vice-président. Il propose de décerner une récompense nationale au duc de Richelieu après la libération du territoire français, et il fait abolir la loterie ainsi que les maisons de jeu.

Delessert est élu membre libre de l'Académie des sciences en 1816. Botaniste amateur et collectionneur acharné, sa fortune lui permet d’acheter successivement de grands herbiers.
Son herbier finit par réunir 250 000 spécimens représentant 86 000 espèces et une collection de 150 000 coquilles. Cet herbier, ainsi que sa bibliothèque, est l’un des plus riches d’Europe. Ils sont actuellement consultables aux Conservatoire et Jardin botaniques de la ville de Genève. Delessert permet à de très nombreux scientifiques de venir étudier ses collections.

Vers 1800, il fonde des soupes populaires qui distribuent, durant certains hivers, jusqu’à quatre millions de repas. Il se bat pour améliorer les conditions des malades dans les hôpitaux et pour l’abrogation de la peine de mort.

Il participe en 1818 à la création des Caisses d'épargne et de prévoyance en vue de secourir les plus démunis ; il les dirige durant près de vingt ans et y fonde le livret A. Il offre le contrôle de l’établissement au gouvernement en 1835. Au moment de sa mort, il existait en France trois cent cinquante caisses d’épargne ayant récolté quatre cent millions de francs.

Il est l'un des principaux membres de la Société philanthropique et l'un des fondateurs de la Société d'encouragement pour l'industrie nationale. Fervent propagateur de l'instruction primaire, il est le patron des salles d'asile.
Surnommé le « père des ouvriers », il lègue 160 000 francs à la Caisse d'épargne, à charge de donner des livrets de cinquante francs à trois mille ouvriers choisis chaque année.

Outre des discours politiques et des écrits sur les caisses d'épargne, il est l'auteur d'un Guide du bonheur paru en 1839.

Il décède à Paris le 1er mars 1847.